В озеро впадает множество рек и речушек, но запасы воды оно, подобно скупому хозяину, отдает через небольшую речку Селижаровку только Волге. Живописная природа, напоминающая одновременно картины русских пейзажистов и иллюстрации к русским сказкам.Водную систему Селигера питают 120 притоков. Вытекает всего одна река – Селижаровка, один из наиболее крупных притоков Волги.Само озеро находится на высоте 205 метров на возвышености и граничит с Волдайским заповедником, питается и наполняется только родниковыми водами.
На Селигере насчитывается 24 плёса. Наиболее крупные— Полновский, Осташковский, Кравотынский, Селижаровский, Троицкий, Сосницкий, Нижнекотицкий и Березовский на которых водится 30 видов рыбы что обеспечивает хорошую рыбалку на спининг и удочку есть места для фидерной ловли Площадь озера 260 км², в том числе около 38 км² приходится на острова (их на Селигере более 166). Крупнейший — Хачин,на острове Хачин еще 12 озерПлощадь всего бассейна — 2275 км². Наибольшая глубина Селигера составляет 24 метра, средняя — 5,8 метра , береговая линия 528 км есть остов хачин на которм находится еще 12 озёр является заказником но ограничений по посящению нет, на острове растут карабельные сосны вокруг хвойный воздух