Площадь озера 260 км², в том числе около 38 км² приходится на острова (их на Селигере более 160). Крупнейший — Хачин.
Площадь всего бассейна — 2275 км². Наибольшая глубина Селигера составляет 24 метра, средняя — 5,8 метра.
Селигер принимает 110 притоков, а из него вытекает лишь одна река Селижаровка. Озеро лежит на высоте 205 метров над уровнем моря и имеет ледниковое происхождение. Этим объясняется его своеобразная форма — это не озеро в привычном понятии, а скорее цепочка озёр, протянувшихся с севера на юг на 100 км и связанных между собой короткими узкими протоками. береговая линия имеет протяжённость 528 километров и отличается изрезанностью — поросшие лесом мысы, глубокие вдавшиеся в сушу живописные заливы, разнообразные по форме острова.
На Селигере насчитывается 24 плёса, самые большие — Полновский, Осташковский, Кравотынский, Селижаровский, Троицкий, Сосницкий, Нижнекотицкий и Берёзовский.
Вода в Селигере очень прозрачная, прозрачность достигает 5 метров
На берегу южной части озера Селигер расположены город Осташков